保證行政執法的有效性和及時性，合同的行政監管應從合同的訂立、合同的履行到合同的終止實行全過程監督管理。行政監管的方式，從總體上可以分為事前審查、事中監督和事后驗收三種方式。
事前審查是指行政主管部門對合同當事人訂立的合同進行審查，查看合同的主體、客體和內容是否符合法律規定。事中監督是指在合同履行過程中行政主管部門對合同當事人的檢查督促，包括檢查當事人是否有利用合同變更進行不法性活動等。所謂事后驗收，是指行政監管部門在執法過程中，對已經履行完畢的合同及時驗收，發現無效合同，及時處理，對有過錯的當事人進行行政處罰，構成犯罪的，移交司法機關處理。
由于建筑工程投資額巨大，合同的不良履行會直接危及國家和人民的生命、財產安全，一旦出現問題，后果嚴重，難以彌補。因此，必須加大建筑工程合同的行政監管力度。對建筑工程合同的行政監管主要包括以下幾方面：
1)加強合同主體資格認證工作
合同主體是否合格，直接關系到合同是否有效，合同能否得到公正合理地履行。因此，必須建立建筑許可制度，加強從事建筑工程活動的單位市場準入與清出管理。凡從事勘察、設計、施工、監理、造價咨詢等活動的單位，必須依法取得相應的資質證書，嚴禁無證、越級和超范圍承接工程任務。 同時，與其他行政主管部門一起，加強對建設單位主體的確認工作，如審查建設單位是否取得土地使用權、規劃許可證，建設資金是否已經落實等。
2)加強招標投標工作的監督管理工作
《招標投標法》規定，大中型建設項目的主體工程設計、施工、監理等，必須實行招標投標。為了保證招標投標工作公平、公正、公開開展，工商行政管理部門和建設行政主管部門應當加強對招投標活動的監督，杜絕違法違規現象發生。
3)規范合同當事人簽約行為
(1)檢查發包人和承包人是否按照招標文件和中標人的投標文件訂立書面合同，有否另行訂立背離合同實質性內容的其他協議的行為。
(2)大力推廣示范合同文本，提倡或者鼓勵當事人使用示范合同文本，這對于規范當事人訂約行為，簡化簽約手續，公正地維護當事人的合法權益，減少不必要的糾紛都具有重要的實踐意義。
(3)做好合同的登記、備案和鑒證工作，將合同當事人的有關情況及合同的主要內容記錄在案，對合同的合法性及有效性進行實質性審查，一方面可以對合同當事人產生公信力，另一方面為以后行政監管部門履行監督管理職責提供資料信息來源。在立法上，可以將行政管理部門對合同的登記、鑒證等作為建筑工程合同生效的要件。事實上，有些地區的工商行政管理部門對建筑工程承包合同等要求進行鑒證。這樣，可以建立預防機制，在很大程度上將不合格主體排除在外，把合同可能造成的危害后果消滅在萌芽狀態。
4)加強合同履行的跟蹤檢查
合同行政監管部門依據登記、備案和鑒證所提供的資料，對合同的履行(包括合同內容的變更、權利義務的轉讓、合同的解除與終止等)進行跟蹤檢查，發現不法性行為及時糾正，及時處理。如果構成犯罪的，移交司法機關處理。特別應當加大對重大工程建設過程的監督檢查力度，及時發現違法違規現象及工程隱患，避免或減少國家和人民生命財產遭受損失。
5)加強合同履行后的審查
即行政主管部門對履行完畢的合同進行審查，察看有無違法違規行為，如發現問題，及時處理并予以行政處罰;構成犯罪的，移交司法機關處理。
當然，行政主管部門應當嚴格按照職權范圍行使監管職責，不得隨意擴大職權甚至踐踏法律。同時，如果合同當事人對行政監管執法持有異議，可以提起行政復議或行政訴訟，通過合法手段保護自己的合法權益。
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